土地增值税与企业所得税是完全不一样的计税原理，如果想借鉴企业所得税政策解决是根本行不通的。
由于公司合并而导致的土增清算，在整个土地增值税体系内只有一句话，就是财税20155号，说什么呢?说房地产公司应该清算，不适用不征税政策。问题是，怎么征收呢?目前为止，没有查到一份文件。这算是土增中的最前沿问题了。下面基于实战过的案例做一个分析，由于案例有限，所以难免以偏概全。首先，我们要明确，不同开发状态的房产会按不同的清算方法。
一、合并阶段的清算
1、自用或出租房产
这个简单了，旧房清算。
2、未达到预售状态的在建工程
这个按新房清算，江浙沪三地的实践结果来看，相当一部分地区不可以加计扣除成本，按在建工程整体转让核定转让价格。但是广州最近有案例，可以加计扣除，掌握口径是，只要取得施工许可证(开工)即视为实质开发，可以加计扣除成本。根据110号的精神，个人认为，最少可以加计扣除实际开发成本部分，土地成本部分存疑。
3、最麻烦是这种，就是达到了预售的状态，对最终业主完成了部分销售，还有一部分没有销售。
土增采取的项目清算，因而从原理的角度，应该是整个项目进行清算，那么清算的收入=已售给小业主的价格+未售的核定价格(按土增核定三原则)
在这种情况下，是否可以加计扣除呢?有可以的，有不可以的。没个定论。这是常规的做法，个人认为加计扣除是没有任何问题的。但是还有原创性的，售给小业主的加计，未售的不加计。这个从逻辑的角度是存在自相矛盾的。如果认定为实质性开发，就应该全部加计，否则就是不加计。个人认为，这种情况下的清算，属于提前清算，既然销售价格是按房屋销售全额计算确认的，而不是按实际开发状态按在建工程计算的，那么成本自然也应该是按房产全额开发成本计算，而不是按照实际开发状态计算。这里最大的问题，就是要开发商提前进行决算与开票。
以上是正确的思考方式。
还有一种思考方式，就是认为未售的部分不纳入清算范围，这样就完全违反财税20155号，将未售的部分作为尾盘在合并后的存续公司清算。这种处理方式比较简单，但是没有尊重文件，现实操作中的确有这种案例。
二、合并后的再销售清算
相对于合并清算阶段的土增清算，合并后再销售的清算就更复杂了，从原理的角度更是难以自圆其说。还是按三种开发阶段表述。
1、自用或出租房产
这个简单了，旧房清算。
2、未达到预售状态的在建工程
目前按文件，购入在建工程再开发，如果是重新立项，则作为新项目重新清算加计扣除没有任何的问题。但是如果没有重新立项，而是老项目分两个公司开发，问题就非常多了，第一，出现了一个项目清算了两次，这是原理上最大的不通。第二，是否可以加计扣除的问题。徐永辉与张春及李毓都认为可以加计，我也没有找到不可以加计的理由。个人认为文件角度是可以加计的，但是在实操中的沟通是非常难的。
3、达到了预售的状态，对最终业主完成了部分销售，还有一部分没有销售。
矛盾的集中点就是原来没销售的那部分现在又面向小业主销售，到底是属于原项目尾盘销售，还是属于新项目重新新建清算，还是属于旧房。
可能多数税务机关，从操作简单的角度，会倾向于按原项目尾盘清算处理，但是这种观点是错误的。因为原合并环节原项目已经完成了清算，所以不可能是按尾盘清算处理。
那么是否是新建项目呢?(徐永辉认为是属于新建项目)
这要根据上一道清算是按在建工程清算，还是按房屋销售清算来区分。如果预售的房屋按在建工程清算，是不符合房地产开发的相关规定的，毕竟房屋预售取得的是房屋预售许可证，不是在建工程销售许可证，取得预售证的房屋是按房屋销售的，不是按在建工程销售的，只能按销售房屋清算。
从土地增值税的角度，原项目完成土增清算后，这些房屋已经成为了销售完的房屋，这个项目作为新建房已经全部完成了土增清算。那么再销售应该视作合并存续公司从被合并方购入房屋再销售处理，这在土增体系是按旧房处理，虽然从营业税的角度，合并属于不征税业务，但是从土地增值税的角度，这些房屋属于旧房，应该按旧房进行清算。
以上是土增清算的全部原理性推导，实践中的差异不一，与当地税务机关对于土增的政策理解程度有很大关系。
谈点个人的看法：
1、转让在建工程是否加计扣除?这不是企业合并中特有的问题，而是土地增值税实务中一个欠明确的问题，个人认为，转让在建工程开发费加扣应该没有问题。在土地转让中，一般的观点也是倾向于，如果是没有进行任何开发而转让，是不能加扣的。但如果进行了土地开发，如三通一平等，土地成本不能加扣，但开发成本也可以加扣。土地进行了初步开发尚且可以加扣，在建工程开发费为什么不能加扣呢?
2、达到了预售状态，完成了部分销售，还有部分没销售，只清算已销售部分还是全部清算?个人认为应全部清算，对整个项目清算。未销售部分参照已销售部分的价格确认收入。没销售部分开发成本可以加扣。
至于未完成的开发部分，也没有取得发票，如果完全不准扣除好象道理上讲不过去，但提前决算开票似乎也不现实。提前进行决算，发票也全部开了，以后的工程款由谁支付，怎么把握?这部分工程款算不算合并成本?我认为，对于工程没完工的部分扣除项目可以核定，土地增值税本就有核定施工成本的文件规定。
3、合并后再销售在建工程。如果重新立项按新项目清算。如果没有重新立项，而是同一个项目由两个公司开发，后面公司销售时我认为也应该重新清算，虽说是同一个项目，但已经是不同的纳税人了，所以不违背什么原则。但两次清算两次加扣，无疑是没道理的，但土地增值税偏偏有个加扣20%的奇葩规定也没办法。不仅仅在这个方面，土地增值税的很多棘手的问题不好解决都是因为这个加扣的原因。
4、合并后再销售达到预售状态的房屋。个人认为，与销售在建工程一样，都应该按新项目清算。
另，我认为，土地增值税与企业所得税是完全不一样的计税原理，如果想借鉴企业所得税政策解决土地增值税问题是根本行不通的。
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